En Allemagne durant la Seconde Guerre mondiale, Jojo « Rabbit » Betzler, âgé de 10 ans, est maltraité par ses camarades. Il se console avec son ami imaginaire, Adolf Hitler. Amoureux de la « nation », il voit sa vie remise en cause lorsqu'il découvre que sa mère, Rosie, cache une jeune fille juive, Elsa Korr.